Пени по УСНО

У меня проблема с пенями. Никак до меня не доходит, правильно ли начислили нам пени в налоговой или неправомерно. Ситуация такая: Начисляли и платили Единый налог на УСНО за 2007 и 2008 года в срок. В 2009 году выявили перебор с установленым лимитом на доходы по данным НИ. Провели ряд уточненых расчетов и ИП перевели на общий режим с 4 квартала 2008 года. В связи с этим уплаченый налог по УСНО за 2008 год взаимозачетом провели на минимальный налог по УСНО (такие данные были по результатам работы за 3 квартала 2008 г.). Но в мае месяце воспользовались решением ВАС от 12.05.2009 года и востановили наши права по применению ИП Единого налога по УСНО в 2008 и 2009 годах. Отослали уточненые декларации и оплатили доначисленный налог по УСНО за 2008 год с расчитанными пенями. Налог минимальный попросили заявлением зачесть обратно на Единый налог по УСНО. На что получили отказ в связи с проведением камеральной проверки. Камеральную проводили, а тем временем присылали требования на уплату налога УСНО по уточненой декларации и пеней в связи с просрочкой платежей по данному налогу (что интересно в требовании на пени упоминались платежи за 2007 год, которые были вовремя уплачены и никак не фигурировали в расчетах за 2008год). На задолженность по налогу отослали письмо руководителю ИФНС с просьбой приостановить решение на требование об Уплате налога по УСНО, т.к. идет камеральная проверка, а уже после результатов проверки вынести решение о зачете или об оплате налога. На нашу просьбу ответили отказом в плане приостановить работу по требованию, а вот на вторую часть не ответили ничего ( по отношению зачисления налога после камеральной проверки). Что востановили ИП право применять УСНО в 2008 и 2009 годах мы узнали от других налоговых инспекторов, которые камералили НДС и 2 НДФЛ. От камеральщиков УСНО мы ничего не дождались кроме как решение и постановление взыскании задолжности по налогу через судебных приставов. Как только это решение получили, повторно написали заявление о взаимозачете налога, что в конце концов и сделали в налоговой. Но остался вопрос о пенях. В соответствии с постановлением ФАС МО от 29.03.2005 г. № КА-А 40/2194-05, если налог был вовремя оплачен на один и тот же бюджет то и пеней быть не может. Или я чего-то не понимаю?